En este apartado se pueden englobar enfermedades sistémicas como el Parkinson o la Esclerosis Múltiple, traumatismos o afecciones orgánicas del SNC como lesionados medulares, ACV, etc.e incluso secuelas de cirugias que pueden afectar al SNP o dirigidas a la liberación de alguna estructura del mismo.

Depende de cada caso los tratamientos son complementarios a otros absolutamente necesarios, crónicos en muchos casos pero no por ello ineficaces, al contrario, su carácter inócuo son un factor a tener muy en cuenta.

Los pacientes con enfermedades neurológicas habitualmente acostumbran a utilizar la fisioterapia para mejorar y recuperar funciones motoras, la funcionalidad del tracto urinario inferior y sistema recto anal también son tratadas en estos pacientes con técnicas de fisioterapia especializadas (Transcutaneous tibial nerve stimulation in the overactive bladder syndrome in patients with Parkinson's syndromes).