En este apartado se pueden englobar enfermedades sistémicas como el Parkinson o la Esclerosis Múltiple, traumatismos o afecciones orgánicas del SNC como lesionados medulares, ACV, etc.e incluso secuelas de cirugias que pueden afectar al SNP o dirigidas a la liberación de alguna estructura del mismo.

Depende de cada caso los tratamientos son complementarios a otros absolutamente necesarios, crónicos en muchos casos pero no por ello ineficaces, al contrario, su carácter inócuo son un factor a tener muy en cuenta.

No parece lógico que estructuras muc¡sculares que tienen un papel fundamental en la función de continencia y de estabilización de los órganos de la pelvis menor, no sean evaluados y recuperados a pesar de ser necesaria una cirugía. Sería impensable que un paciente tras una cirugía de rodilla no realizase un proceso de recuperación y fisioterapia tras la misma. Es imprescindible seguir teniendo en cuenta las estrucuras musculares tras las cirugías correctoras de incontinencias, prolapsos, etc. para conseguir la total recuperación de la paciente.

La fisura anal es una compleja patología  que cursa con dolor y sangrado durante la defecación habitualmente.
Se trata de una herida que aparece en el esfínter anal normalmente secundaria a un proceso de estreñimiento.
Debido a su localización su curación puede ser difícil y las recidivas frecuentes, llegando en ocasiones a ser necesaria la cirugía para su resolución.

En ocasiones se realizan cirugías correctoras de la caída del recto (rectocele) debido a que este puede ser la causa de estreñimientos, dolor, etc. La fisioterapia en este caso es un complemento ideal para potenciar los resultados de la misma y evitar recidivas, encargándose de corregir los  problemas en la evacuación de las heces, y por tanto esfuerzos exagerados que pongan en riesgo la cirugía, y potenciando y mejorando las estructuras musculares que se encargan del sostén de las vísceras pélvicas, entre ellas el recto.

La incoordinación en el momento de la defecación entre el recto y el ano provocan la disfunción recto esfinteriana. Enmascarada muy frecuentemente con un simple problema de estreñimiento es mucho más frecuente en niños.

La evidencia científica situa a los tratamientos de fisioterapia como primera línea de tratamiento eficaz en este tipo de disfunciones (Electrical stimulation and biofee

El síndrome de dolor pélvico crónico  engloba una gran variedad de patologías sin etiología, atrapamiento nervio pudendo, cistitis intersticial, vulvestibulitis, etc. La evidencia científica existente ha demostrado que las técnicas de fisioterapia son una alternativa eficaz (Prevalence of myofascial chronic pelvic pain and the effectiveness of pelvic floor physical therapy).

Los pacientes  diagnosticados de prolapsos genitales: cistocele, rectocele, histerocele, deben ser informados y tratados independientemente del grado  del mismo y de si existen o no síntomas asociados (incontinencia, sensación de pesadez, etc.), la espera pasiva es una mala opción en estas pacientes que simplemente con sus AVD, prácticas deportivas, estreñimientos, etc. agravarán el problema teniendo que enfrentarse a cirugias no siempre satisfactorias a largo plazo para corregir el problema

La incontinencia urinaria de esfuerzo, de urgencia o mixta pueden ser tratados eficazmente con técnicas de fisioterapia. La celeridad en atajar el problema es muy importante en los resultados aunque no hay una edad límite para comenzar el tratamiento